X‐ファイル 2016

第1話 闘争 Part 1

動画ニュースサイトを運営し自らキャスターを務める保守派の陰謀論者、タッド・オマリーがFBIを通してモルダーとスカリーに協力を求めてきた。2人は彼の案内で、異星人に誘拐された経験を持つという女性、スヴェタを訪ねる。彼女の話を聴いたモルダーは、これまで思いもしなかったある真実に気づかされることになる。

第2話 変異

遺伝子研究施設に勤める博士が、他の人には聞こえない異常な音を聞き、直後に自殺した。その手のひらには、"創始者の変異"と文字が書かれていた。モルダーとスカリーは博士の部屋へ捜査に行き、遺伝子疾患による形態異常の子供たちの写真を発見。しかしその時、モルダーの耳に突然、突き刺すような高音が聞こえてくる。

第3話 トカゲ男の憂鬱

中年の危機を迎え、怪物を追いかける人生に迷いを感じ始めたモルダー。そんな時にちょうど、動物管理局職員が森で怪物に襲われる事件が発生する。現場には他にも複数の遺体があった。目撃者によると怪物はトカゲのような姿をしていたという。捜査を進めるモルダーは、ガイ・マンという男と出会う。

第4話 バンドエイド・ノーズ・マン

ホームレスの強制収容計画を進める住宅都市開発省の職員が惨殺され、モルダーとスカリーが捜査にあたる。しかしそこへ、スカリーの母が危篤との連絡が入り、彼女は病院へ向かう。残されたモルダーは監視カメラの映像から、現場近くの看板の絵が犯行時刻にはまだ描かれていなかったことに気づき、描いたアーティストを捜す。

第5話 バビロン

美術館で自爆テロが発生。瀕死の爆破犯から情報を聞き出せれば連続テロを防げると考えた担当捜査官のミラーは、超常現象に詳しいモルダーならその方法を知っているかと、相棒のアインシュタインと共にXファイル課を訪ねる。モルダーとスカリーは、昔の自分たちを彷彿とさせる若いコンビにそれぞれの方法で協力を申し出る。

第6話 闘争 Part 2

タッド・オマリーがニュース配信を再開し、異星人のDNAに関する陰謀を告発した。その直後、モルダーが失踪。病院には、各種の感染症にかかった患者があふれ始める。スカリーは、全国民が何らかの方法で免疫機能を奪われ、どんな病原体にも抵抗がなくなったものと考えて治療法を探る。そこへ、昔の友人から電話が入る。