ザ・ラストシップ＜サード・シーズン＞

第1話 アジアの火種

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“赤い悪魔”が突然変異したと思われ、チャンドラーはアジアへ調査に向かう。中国がアメリカから送られてきた大量のワクチンをストックしていると知り、チャンドラーは香港で開かれる首脳会議で中国のポン国家主席の真意を探ろうとする。一方、スラッタリーと船員たちは、ワクチンをベトナムに運ぶ。しかし、歓迎パーティーの会場で、武装した一団に急襲され、スラッタリーと船員数名は拉致されてしまう。

第2話 悪い知らせ

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ポンに命を狙われ、香港からの脱出を余儀なくされたチャンドラーたちは、何とかしてネイサン・ジェームズへ戻ろうとする。一方、海賊の捕虜となったスラッタリーたちは、貨物船の檻の中に閉じ込められ、どこかへ運ばれていた。ハイフォンでは、拉致を逃れたダニーとバークが、奪ったスピードボートでネイサン・ジェームズを目指す。

第3話 荒ぶる神

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ネイサン・ジェームズは、シャンジャイと呼ばれる南シナ海沿岸にある無法の町に上陸する。そこでスラッタリーの軍服を着た日本人を発見するが、チャンドラーたちを追う中国の国家安全部の部隊と遭遇してしまう。一方、新首都セントルイスでは捕虜となったスラッタリーたちの映像が流され、ミッチェナーたちは大きなショックを受ける。

第4話 共通の敵

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タケハヤはアメリカ政府に対し、米軍の日本からの完全撤退を要求する。さらに、刻限までに沖縄に停泊している駆逐艦が出ていかなければ、捕虜を1人ずつ殺すと脅迫する。チャンドラーはタケハヤのアジトがあると思われる西沙諸島に向かおうとするが、燃料を補給するため、一旦フォーコン島を目指すことにする。しかし、そこに現れたのは中国駆逐艦だった。

第5話 動く標的

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ネイサン・ジェームズは機雷原に入り込んでしまい、機雷処理のためダイバー・チームを出すことになる。一方セントルイスでは、ミッチェナーの非常時政策に反対する地方代表が集まり、配給制等の政策の中止を迫る。海賊の村ではタケハヤが、マラリアにかかった妻キョウコの治療をリオスに託していた。

第6話 救出の代償

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チャンドラー率いるネイサン・ジェームズは、クモノス島に上陸する。海賊たちと救出部隊との戦闘が始まるが、そこに中国国家安全部のエージェントたちが現れ、さらに激しい銃撃戦となる。一方アメリカでは、地方の有力者たちが民衆を煽り、ミッチェナー政権の瓦解を企んでいた。人質救出作戦の成否が政権の存続を左右する、重大な局面を迎える。

第7話 闇の中

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クモノス島を後にしたネイサン・ジェームズは、ポンの中国駆逐艦4隻から執拗に追われることとなる。セントルイスでは、バーンズ記者がミッチェナーに関するある事実を突き止め、彼には大統領としての資格がないと弾劾する。追いつめられたミッチェナーは、テレビ中継で国民への謝罪を行う。

第8話 陰謀

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ポンの陰謀を明らかにする鍵を握る人物、密輸屋のウー・ミンを捕らえるべく、ネイサン・ジェームズはシャンジャイに航路を向ける。アメリカが悲劇を乗り越えようとする中、チャンドラーはウイルスの突然変異の可能性について着々と調査を進めていた。そしてついにリオスは、ワクチンを接種していたタケハヤ夫婦たちが“赤い悪魔”に感染した原因を究明する。

第9話 天国の島

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ポンのミサイル製造工場があると思われる島パライソ、“天国の島”へ向かったネイサン・ジェームズ。そこには一見平和な避難民の楽園が広がっており、旧アメリカ陸軍基地の跡には、ミサイル工場どころか縫製工場しかないように見える。一方セントルイスでは、カーラと技術者デニスが、ネイサン・ジェームズからの映像信号が受信できない原因を調べていた。

第10話 遵守と適応

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ホワイトハウスから脱出したカーラは、バーンズ記者のアパートを訪ね、陰謀解明のための協力を求める。ネイサン・ジェームズでは、一刻も早く本国へ帰還すべきだと言うメイランたちヘイワード乗員と、あくまでアジアに留まってポンの野望を阻止しようとするチャンドラーたちとの間で確執が発生する。

第11話 民族の誇り

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バーンズを連れセントルイスを脱出したカーラは、何とか追っ手から逃れ、ある人物との再会を果たす。ポンが2隻の中国駆逐艦を自ら率いて東京湾に入り、国立博物館に収められた日本の国宝を次々と破壊し、焼却してしまう。ポンを撃退するために、タケハヤを乗せたネイサン・ジェームズが密かに東京湾に入る。

第12話 抵抗勢力

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サンディエゴにネイサン・ジェームズが帰港するという朗報を受け、アメリカ再建の唯一の希望に懸けるテックス、カーラ、オリヴァーたちは、車を西海岸に走らせる。途中、ラスベガスに立ち寄った彼らは、真っ暗な町を見て愕然とする。西海岸を支配するカスティーヨが食糧を独占し、軍事力を背景に人々の奴隷化を企てていたのだ。

第13話 ひたすら前へ

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ウィット大佐の操縦する無人攻撃機は、サンディエゴ沖にネイサン・ジェームズの姿を捉え、ミサイル攻撃を行う。ネイサン・ジェームズを救う唯一の道は、発信源のホワイトハウスを攻撃し、遠隔操縦装置を停止させることだった。アメリカのための闘いが終わりに近づいた時、チャンドラーの前に人生を永遠に変えてしまうほどの難題が立ちはだかる。