新世紀エヴァンゲリオン

第壱話 使徒、襲来

第3新東京市に降り立った少年・碇シンジを出迎えたものは、人類の存在をも脅かす驚異――使徒と国連軍との激しい戦闘であった。シンジは葛城ミサトの手引きにより、特務機関ネルフの本部へと向かう。そこで再会した父・ゲンドウは、汎用人型決戦兵器エヴァンゲリオンへの搭乗、及び使徒の殲滅をシンジに促すのだった。

第弐話 見知らぬ、天井

EVA初号機に搭乗したシンジは、使徒との激闘の末、生還する。ミサトに引き取られる事になったシンジ。知らない町、知らない人々。そして、ミサトのマンションで彼が見たものも、知らない天井でしかなかった。シンジの脳裏をかすめる使徒との激戦の追憶。その先に彼が見たものは――。

第参話 鳴らない、電話

新しい中学校に転入したシンジは、友人を作れないでいた。彼がEVAのパイロットであるという事が発覚し、ざわめき立つクラスメイト。EVAと使徒との戦闘で負傷した妹を持つトウジとの対立。シンジの気持ちは誰にも理解されないのか。そんな中、新たな使徒の襲来を告げる警報が、第3新東京市の空に鳴り響く。

第四話 雨、逃げ出した後

新たな環境に馴染めぬシンジは、現実から逃避するようにミサトの元から去ってしまう。第3新東京市を、あてどなく彷徨するシンジ。クラスメイトのケンスケとの出会いは一時の安らぎを与えたが、翌朝、ネルフの大人達により連れ戻される。彼を待っていたものは、厳しい現実と、他人としてのミサトの冷たい言葉だった。

第伍話 レイ、心のむこうに

感情を表に出さず、他人と必要以上の接触をしようとしない少女・綾波レイ。シンジは、自分よりも父に近い位置にいる彼女に興味を持ち接近するが、彼女はシンジに心を開こうとはしない。父を信頼できないと云う彼をレイは非難し、頬を叩く。そんな中、使徒が第3新東京市に迫っていた。

第六話 決戦、第3新東京市

第伍使徒の放った加粒子砲の直撃を受け、死線を彷徨うシンジ。一方、攻守共にほぼ完璧と云える能力を有する使徒に対し、ミサトは日本全国の電力を総動員し、極大エネルギーの陽電子砲によって、射程外からの超長距離射撃で撃滅する「ヤシマ作戦」を立案、実行に移す。勝利確率8.7%の戦いが、今、始まる。

第七話 人の造りしもの

ネルフのEVAに対抗し、日本重化学工業共同体は巨大人型自走兵器J.A.(JET ALONE)を建造。ミサトとリツコが出席した完成披露会場でJ.A.は、突如暴走を始める。動力源である原子炉の炉心融解の危機が迫る。ミサトは単独でJ.A.に乗り込み、プログラム消去のパスワードを入力しようとするが……。

第八話 アスカ、来日

ミサトとシンジら4人は、EVA弐号機を搬送中の太平洋艦隊へ。そこには、セカンドチルドレン、惣流・アスカ・ラングレーと、ミサトの元恋人の加持リョウジとの出会いが待っていた。強気で自己主張の強いアスカは、シンジをライバル視する。そこに第六使徒が来襲。アスカはシンジと共に弐号機に乗り込み、出撃するが――。

第九話 瞬間、心、重ねて

弐号機が一刀両断した第七使徒は2体に分離再生し、EVAを倒す。N2爆雷によって足止めに成功するも、再侵攻は時間の問題だった。2体の使徒を倒すのは、両方の核に同時に荷重攻撃を加えるしかない。ミサトはシンジ、アスカのコンビネーションを完璧にすべく、ユニゾンの訓練を開始する。

第拾話 マグマダイバー

羽化前の第八使徒が浅間山の火口内で発見された。ネルフは使徒を生きたまま捕獲・回収する作戦、A-17を発令。3体のEVAのうち、唯一極地戦用特殊装備に対応可能な弐号機を駆り、アスカは火口へ降下する。だが、捕獲が終了したと思われた時、使徒が羽化を開始。灼熱のマグマの中で、アスカの孤独な戦いが始まった。

第拾壱話 静止した闇の中で

ある朝、第3新東京市は予期しない停電にみまわれ、都市機能は完全に停止した。ゲンドウと冬月は外部の人間による謀略と判断、マギとセントラルドグマの維持に奔走する。そこへ襲来する第九使徒。危機を察したシンジ達は、必死にネルフ本部へ向かう。そこで待っていたのは、ゲンドウが手動で待機させていたEVAだった。

第拾弐話 奇跡の価値は

大気圏外より自らを落下させて、ネルフ本部に直接攻撃を仕掛けようとする第拾使徒。本部で指揮を執ることになったミサトは、勝率0.00001%の作戦を提唱する。奇跡は起こしてこそ価値が出るもの、と言うミサトだが、リツコはそれを私的な復讐心だと指摘する。落下する第拾使徒、果たして奇跡は起こるのか?

第拾参話 使徒、侵入

初めてネルフ内部に侵入した第拾壱使徒は、細菌サイズの微少なものだった。猛烈な勢いで進化しながら施設を汚染していく使徒。やがて使徒はマギシステムをハッキング、ネルフ本部の自爆を提訴する。リツコは使徒に対し、逆ハッキングで自滅促進プログラムを送ることを提案する。

第拾四話 ゼーレ、魂の座

人類補完委員会の招集を受けたゲンドウは、本部に使徒が侵入したことを否定する。ネルフ本部では、パイロットと機体との相互互換試験が行われていた。しかし突然、零号機からシンジへの精神汚染が発生し、零号機は暴走してしまう。憎しみをぶつけるようにモニター室を殴る零号機。その目標はレイなのか、それとも……。

第拾伍話 嘘と沈黙

かつての恋人・加持に対し、ミサトは今も複雑な感情を抱いていた。父への思いと恋人の想いを整理しきれずに悩むミサトを、加持は優しく受け止める。だがミサトは、加持がネルフに所属していながらネルフを内偵していることを知っていた。加持はミサトをセントラルドグマへと導く。そこでミサトが目にしたものは……。